Secuencia genómica, la clave para detectar variantes del coronavirus

 Secuencia genómica, la clave para detectar variantes del coronavirus
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A la fecha han sido nombradas cinco variantes de preocupación por la Organización Mundial de la Salud

En 36 horas los investigadores sudafricanos analizaron una centena de nuevas muestras sospechosas, compararon datos y alertaron al mundo sobre una nueva variante de SARS-CoV-2. Un aviso en tiempo record.

La clave principal del nuevo hallazgo fue que en pruebas previas de rutina, provenientes de un laboratorio privado, el gen S no se podía detectar, pero síntomas ligados al COVID-19 prevalecían.

Todo era culpa de una razón compleja, pero natural en un virus: el genoma había mutado. Las mutaciones son eventos esperados dentro de su proceso de evolución, es la manera en que sobreviven y se adaptan al medio.

Desde la caracterización genómica inicial del SARSCoV-2, éste ha evolucionado con mutaciones específicas que han dado forma a grupos genéticos virales que circulan en todo el mundo.

La secuenciación de genomas es un proceso que determina el orden o la secuencia de los nucleótidos en cada uno de los genes presentes en el genoma del virus.

Los nucleótidos son moléculas orgánicas que forman el bloque estructural de los ácidos nucleicos. Al comparar los nucleótidos del gen de un virus frente a los de otro, pueden surgir variaciones entre ambos.

Las variaciones modifican los aminoácidos que componen las proteínas de los virus, lo que resulta en cambios estructurales en la proteína y por consiguiente en cambios en algunas de las propiedades del virus.

No todos los países tienen la capacidad para identificar los cambios del SARS-CoV-2 de manera tan eficaz como Sudáfrica, que cuenta con virólogos y expertos en secuenciación genética de talla mundial, en gran parte por la experiencia recabada frente al VIH y la tuberculosis, pero también por la eficaz red de vigilancia consolidada en la pandemia y que ha demostrado que no solo se necesitan muchos recursos económicos para impulsar la ciencia, sino objetivos comunes y coordinación precisa entre las diferentes instancias.

VARIANTES DE PREOCUPACIÓN
A la fecha han sido nombradas cinco variantes de preocupación por la Organización Mundial de la Salud: alpha, beta, gamma, delta y ómicron. Esta categoría identifica uno o más cambios (transmisibilidad, virulencia o eficacia de medidas) en un grado que resulta significativo para la salud pública mundial.

La única variante con presencia mundial por su rápida capacidad de contagio ha sido, hasta ahora, delta. Desde julio de 2020, cuando fue notificada por primera vez y hasta el 30 de noviembre de 2021, 181 países (54 de América) han reportado su detección. Esta variante ha desplazado a las otras variantes en un corto lapso y es la predominante en el mundo.

Justo esta capacidad de veloz diseminación es la que preocupa con ómicron, inicialmente conocida como B.1.1.529 y de la que ya se reportó su llegada a México. Los síntomas asociados no muestran mayor virulencia.

Las variantes del SARSCoV-2 han sido monitoreadas desde el inicio de la pandemia a través del banco de datos de secuencia GISAID, un repositorio global mediante el cual la Organización Mundial de la Salud evalúa si la información de las muestras recabadas en muchos países tiene impacto sobre la transmisión del virus y su gravedad, así como eficacia de los diagnósticos, terapias y vacunas. Desde diciembre de 2019 al 30 de noviembre del 2021 se han compartido en esta red más de 5.5 millones de secuencias genómicas.

Además de Sudáfrica, países como Reino Unido, Francia, Japón e India han demostrado tener estrategias bien desarrolladas de secuenciación genética que contribuyen a detectar nuevas variantes del SARSCoV-2. Uno de los que más contribuye a este contenedor de datos global es Reino Unido, que secuencia el genoma del virus de unas 20 mil muestras semanales.

Los científicos tienen claro que ómicron no se desarrolló a partir de otras de las variantes de preocupación predominantes, como delta, sino que evolucionó en un nicho separado.

Los especialistas sudafricanos alertaron rápido sobre la variante mostrando la capacidad científica y ética para la detección genómica, vital en tiempos de pandemia, pero el mundo los estigmatizó de nuevo. Se espera que las vacunas mantengan protección contra la variante ómicron porque no solo estimulan los anticuerpos, sino otras células inmunitarias que atacan las células infectadas por el virus.

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Jos M.C.

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